Merci pour le lien, je n'avais pas pensé que certains lecteurs de PDF propoosaient aussi l'annotation. Je n'ai pas encore eu le temps de tester, mais en lisant leur présentation, je me suis rendu compte d'un truc :

Il y a plein de commandes pour modifier/traiter des PDFs et du coup j'ai déjà remarqué une ou deux solutions :
- Si je n'ai pas d'écran tactile : je peux utiliser "pdftotext" qui converti tous les textes d'un PDF et les mets dans un ficher .txt . Je pourrai donc ensuite facilement modifier le texte grâce à OpenOffice.org (ou LibreOffice ) et là rajouter du texte est très facile.

- Si j'ai un écran tactil avec un stylet, je peux utiliser "pdftoppm" qui fait un fichier image avec chaque page du PDF. Du coup, je pourrai utiliser GIMP pour les annoter ce qui est très pratique avec un stylet

Je vais encore voir un peu ce qu'est Xpdf, Bepdf et Mupdf, mais je pense que l'option de la ligne de commande sera là plus pratique.

Merci de m'avoir aidé, je cherchais du mauvais côté

Du temps où je cherchais un éditeur de pdf puissant, j'étais tombé sur « xournal » (qui ne correspondait pas à mes besoins).
C'est un petit éditeur de texte qui peut ouvrir des pdfs et rajouter une ou plusieurs couches d'annotations sur l'original.
On peut aussi faire des croquis et des schémas.
C'est à mon avis, assez pratique pour annoter des pdfs.