Je ne peux que te conseiller d'aller voir dans le bios comme déjà suggeré.

Ceci dit, certains chipset comme SiS et surtout VIA sont connus pour avoir des problèmes avec linux. Ce n'est pas la faute de linux, mais des fabriquants de ces chipsets qui fabriquent des produits qui ne sont pas dans la norme, en d'autres termes ce sont des produits qui ont des interfaces PCI boggués, et ils ne fournissent pas les docs techniques qui premettraient aux développeurs du kernel de s'y retrouver facilement. Ces développeurs ont autre chose à faire que de se battre avec des chipsets boggués, donc il faut éviter ces produits sous linux. 

Une chose que tu peux faire est taper "cat /proc/interrupts" dans une console. Si le résultat est quelque chose du genre comme:

dom@pingouin:/media/usbdisk/dom> cat /proc/interrupts
           CPU0
  0: 1296855338  IO-APIC-edge   [........N/  0]  pit
  1:     803877  IO-APIC-edge   [........./  0]  i8042
  7:          0  IO-APIC-edge   [........./  0]  parport0
  8:    8612049  IO-APIC-edge   [........./  0]  rtc
 12:        110  IO-APIC-edge   [........./  0]  i8042
 14:    5308318  IO-APIC-edge   [........./  0]  ide0
 15:   18336092  IO-APIC-edge   [........./  0]  ide1
169:    9685485  IO-APIC-level  [........./  0]  acpi, ohci_hcd:usb1
177:   62173086  IO-APIC-level  [........./  3]  Ensoniq AudioPCI, nvidia
185:    1308607  IO-APIC-level  [........./  0]  EMU10K1
193:          0  IO-APIC-level  [........./  0]  ohci_hcd:usb2
201:          0  IO-APIC-level  [........./  0]  ohci_hcd:usb3
209:  210613110  IO-APIC-level  [........./  0]  ohci1394, eth0
217:   66205534  IO-APIC-level  [........./  0]  ehci_hcd:usb4
225:        105  IO-APIC-level  [........./  0]  bttv0
NMI:          0
LOC:     172893
ERR:          5
MIS:          0

cela signifie que tu utilises l'interface APIC pour les interruptions. C'est le mode normal des kernels récent. Tu peux voir ci-dessus que j'ai deux périphériques sur l'IRQ 177, cela n'est pas normal mais j'ai tout essayé et comme ma carte mère utilise un chipset SiS et que cela fonctionne, je ne me pose pas plus de question. Le seul problème est que comme j'ai un kernel temps réel, je ne peux utilisé que l'Audigy avec jack, le système plante quand jêssaie d'utiliser l'ensonic avec une priorité temps réel.

Une dernière chose avec le bios, si il est configuré pour utiliser APIC et que  tu changes cette option (ou l'inverse), tu dois réinstaller windows. Par contre, cela ne pose aucun problème ni à linux ni à windows de jongler avec les IRQ. Lit la doc de ta carte mère, car il peut être nécessaire de changer certaines cartes de place, car certaines cartes mères partagent les IRQ entre plusieurs connecteurs. Dans ce cas, il est bien de placer les extensions de manière à ce qu'elles ne partagent pas d'IRQ les unes avec les autres.